甘肃省在财力有限的情况下，不断加大对污染减排工作的资金投入，完善激励机制，用好经济杠杆。
目前，省级主要污染物总量减排专项资金从“十一五”初期的每年5000万元，提高到2013年的1.5亿元。2012年，甘肃省财政厅、省环保厅共安排污染减排专项资金1.108亿元，安排环保专项资金6980万元，对全省142个重点减排项目和兰州市28家省属行政事业单位燃煤锅炉清洁能源改造工程，给予资金补助。
对30万千瓦以上火电机组脱硝工程，每个项目补助300万元;对日产2000吨以上的现役新型干法水泥生产线脱硝改造工程，每个项目补助150万元;对现有不达标污水处理厂脱氮除磷改造项目，每个项目补助150万元;对规模化畜禽养殖场和养殖小区污染减排工程，每个项目补助20万元。
甘肃省还对工业企业重点减排工程进行补助。主要包括重点行业水污染物减排工程、有色和石化行业二氧化硫深度治理工程、钢铁行业烧结机脱硫工程、火电行业脱硫设施增容改造工程，每个项目补助100万~150万元。
在兰州市燃煤锅炉清洁能源改造工程中，对省属行政和全额拨款的事业单位燃煤锅炉清洁能源改造项目，每蒸吨补助20万元;对省属差额拨款事业单位燃煤锅炉清洁能源改造项目，每蒸吨补助20万元。
“十二五”前两年，通过建立完善减排经济政策，在全省GDP年均增长12%以上、规模以上工业增加值年均增长14%以上的情况下，甘肃省较好完成了4项主要污染物减排任务。